生物医学工程系建于2011年，拥有生物医学工程一级学科博士点，现有教师32人，其中教授7人、副教授14人、助理教授10人、博士后1人，国际宇航科学院院士1人，教育部新世纪优秀人才1人，陕西省“青年百人”1人。目前在编的教师全都具有博士员工，45岁以下的教师达80%以上，是一支思想活跃，勇于创新、年轻有为的团队队伍。

生物医学工程系旨在将生命科学和生物技术的最新进展与机电、材料、控制、信息等工程技术紧密结合，以解决医学治疗与康复中的检测诊断、仪器设备、材料组织、医学成像、信息采集处理等技术问题。生物医学工程系的特色和优势是航天医学工程，依托空间生物实验模拟国防重点学科实验室，针对空间特殊环境导致的健康问题，开展医学工程、蛋白质工程与药物设计、生物电磁技术等研究。